Какой адрес надо указывать при написании ходатайства?

Игорь, по смыслу ст. 55 ГК РФ — филиал юридическим лицом не является.

Они (филиалы) наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им полномочий; руководители представительств и филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности.

Думаю правильным должно быть так:

Ответчик: ГУП «Мосгортранс» в лице Краснопресненского трамвайного управления ГУП «Мосгортранс».

Адрес ГУП «Мосгортранс» ....

Адрес Филиала трамвайного управления ГУП «Мосгортранс»

Адрес:  филиала Краснопресненского трамвайного управления ГУП «Мосгортранс»

Лучше перестраховаться и написать все адреса.

Ст. 29 ГПК РФ

2. Иск к организации, вытекающий из деятельности ее филиала или представительства, может быть предъявлен также в суд по месту нахождения ее филиала или представительства.

Как я понял иск предъявлен по месту нахождения филиала. 

Лучше все прописать адреса.

В любом случае — ответчик только головная организация.

Добрый день!
Полагаю, что юрист все сделал правильно — в качестве ответчика нужно указывать головную компанию, а не филиал. Филиал юридическим лицом не является и не может поэтому быть стороной в гражданском процессе.