Здравствуйте, исчислять срок надо с момента регистрации в Росреестре. На это есть разъяснение МинФина.
Письмо МинФина России №03-04-05/9-103 от 14 февраля 2013 года
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу обложения налогом на доходы физических лиц и в соответствии со ст. 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) разъясняет следующее.
Из обращения следует, что налогоплательщик в 2004 г. приобрел право на квартиру в строящемся доме в рамках договора долевого участия. Акт приема-передачи квартиры подписан в июне 2012 г., свидетельство о регистрации права собственности на данную квартиру получено в октябре 2012 г. В декабре 2012 г. налогоплательщик продал указанную квартиру.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного вышеуказанным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Согласно ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение, переход и прекращение подлежат государственной регистрации в едином государственном реестре органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней.
Таким образом, срок нахождения в собственности налогоплательщика объекта недвижимости следует определять с даты его регистрации в едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним.
Учитывая изложенное, поскольку квартира до даты ее продажи находилась в собственности налогоплательщика менее трех лет, то налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет, установленный пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса.
Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Дополнительно обращу Ваше внимание на то, что с 1 января 2016 года, увеличен срок владения недвижимостью после которого продавцы освобождаются от уплаты налога при продаже квартиры, если раньше нужно было ждать 3 года, то ныне срок составляет 5 лет.
Следует учесть, что Вы можете учитывать при расчете налога суммы расходов, которые Вы понесли при приобретении квартиры по ДДУ и обложению будет подлежать разница между вырученной суммой и расходами понесенными при приобретении.