Квартира с обременением в пользу продавца, купленная по сертификату молодой семьи и мат капиталу

В Вашем случае возможно несколько вариантов поведения. Можно, например, обременить квартиру залогом в пользу продавца до момента полного погашения стоимости жилья. А можно указать в договоре, что сумма выплачена полностью, а Вы выдадите продавцу расписку на неоплаченную сумму на согласованный период времени. В этом случае обременения на квартире не будет, а Вы станете должны продавцу недоплаченную сумму по договору займа.