Счета-фактуры при агентской деятельности (ИП)

Здравствуйте, Михаил!

1. Правильно ли я понимаю, что я НЕ должен сдавать декларацию по НДС. Я обязан только вести журнал учета выставленных и полученных СФ?

Да, верно. В данном случае Вы не являетесь плательщиком или налоговым агентом по НДС. Поэтому у вас нет начисления НДС. Но при этом вы обязаны вести журналы в силу ст.169 НК РФ:

Статья 169. Счет-фактура
3.1. Налогоплательщики, в том числе освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, лица, не являющиеся налогоплательщиками, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции, а также при выполнении функций застройщика обязаны вести журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур в отношении указанной деятельности.

 2. Основной вопрос. Яндекс выставляет мне СФ по платежам, клиентов из п.4 (см. выше). То есть полученный СФ от Яндекса (продавца) я никому не перевыставляю. Должен ли я эти СФ фиксировать в журнале учета? Или же я фиксирую ТОЛЬКО те СФ от Яндекса (продавец), которые я перевыставил принципалам в рамках аг. договоров?

Данные счета-фактуры лучше не регистрировать, так как вы их никому не перевыставляете. Вообще, если у вас в данном случае нет договора с принципалом, то формально вы приобретаете рекламу для себя. А так как вы на УСН, то эта НДС по этой рекламе у вас не идет к вычету и не перевыставляется. То есть лучше чтобы он нигде не отражался. 

И по итогу периода в журнале у меня дб кол-во входящих СФ = кол-ву исходящих?

Совсем не обязательно.