Евгений, здравствуйте.
К сожалению, лицензия на любую лицензируемую деятельность — исключительно «именная». Иными словами, если у ООО есть лицензия на медицинскую деятельность, оно не может распространять её на другие общества или индивидуальных предпринимателей путём заключения каких-либо соглашений о сотрудничестве.
Федеральный закон от 04.05.2011 N 99-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «О лицензировании отдельных видов деятельности»
Статья 9. Действие лицензии
2. Юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, получившие лицензию, вправе осуществлять деятельность, на которую предоставлена лицензия, на всей территории Российской Федерации и на иных территориях, над которыми Российская Федерация осуществляет юрисдикцию в соответствии с законодательством Российской Федерации и нормами международного права, со дня, следующего за днем принятия решения о предоставлении лицензии.
ИП придётся получать лицензию самостоятельно — для ИП это также возможно.
Постановление Правительства РФ от 16.04.2012 N 291 (ред. от 23.09.2016, с изм. от 08.12.2016) «О лицензировании медицинской деятельности (за исключением указанной деятельности, осуществляемой медицинскими организациями и другими организациями
1. Настоящее Положение определяет порядок лицензирования медицинской деятельности, осуществляемой на территории Российской Федерации медицинскими и иными организациями, а также индивидуальными предпринимателями, за исключением указанной деятельности, осуществляемой медицинскими организациями и другими организациями, входящими в частную систему здравоохранения, на территории инновационного центра „Сколково“.
Как вариант — заключить с ООО трудовой договор и выполнять свой функционал через них. Также — ООО может помочь ИП при прохождении лицензирования, к примеру, арендой помещений, оборудования и пр.
С уважением,
Роман Новиков