Алексей, если у Вас нет брачного договора, то ни в чем нет разницы (юридически), если это совместно нажитое имущество (приобретается во время брака). К сожалению, точно так же нет разницы и из чьей зарплаты платиться Ваша ипотека.
Вы конечно можете оформить отдельное брачное соглашение в отношении конкретно ипотеки (например, один берет все финансовые обязательства на себя и в итоге получает имущество, а второй получает денежную долю равную половине выплаченной во время, когда брак еще не был расторгнут), но не думаю, что это приемлемо для Вас.
Теоретически, при разводе предположим, если Вы сразу оформите ее на двоих собственников отдельно будет меньше «технических» операций по выделению долей и так далее, но на сам «объем прав» скажем так в отношении квартиры на каждого из супругов при условии отсутствия брачного договора (отдельного соглашения в отношении квартиры/ипотеки) это никак не влияет.