Здравствуйте Ирина!
Для законного использования музыки нужно заключить договоры на использование авторских и смежных прав. В случае, если кафе использует разную музыку (CD-диски с разными композициями или включаете какую-то радиостанцию), то в таком случае, как вы и пишете, вам нужно заключить договоры с организациями по коллективному управлению авторскими и смежными правами (РАО и ВОИС).
Если же кафе использует не широкий репертуар, а какие-то конкретные композиции, правами на которые обладает одно или небольшое количество лиц, то можно (нужно) заключить прямые договоры с авторами, исполнителями и обладателями смежных прав на фонограмму.