Здравствуйте Константин!
Согласно статьи 32 Гражданского процессуального кодекса РФ стороны могут по соглашению между собой изменить территориальную подсудность для данного дела до принятия его судом к своему производству. Не может быть изменена подсудность, установленная статьями 26, 27 и 30 ГПК РФ. А это гражданские дела:
— подсудные верховному суду республики, краевому, областному суду, суду города федерального значения, суду автономной области и суду автономного округа;
— подсудные Верховному Суду Российской Федерации;
— по исключительной подсудности.
К сожалению в Вашем случае раз в договоре подписанного Вами, указано об урегулировании данного вопроса в суде другого города, то по месту регистрации дело не передать никак.