Может ли генеральный директор обжаловать решение внеочередного общего собрания?

В соответствии со ст. 43 Федерального закона об ООО, правом на обжалование решения общего собрания участников общества обладает ТОЛЬКО ЧЛЕН (участник) ОБЩЕСТВА. При этом для того, чтобы воспользоваться таким правом, участник общества должен отвечать нескольким условиям: 

— не присутствовать на собрании или голосовать против решения;

— решение должно нарушать его права

В то же время директор общества — специальный субъект трудового права. Решение общего собрания — документ,  являющийся основой для оформления с ним трудовых правоотношений. Таким образом, на мой взгляд, в Вашей ситуации правильнее было бы не пойти по пути корпоративного спора, а по пути спора между работодателем (ОБществом) и работником (директором). Суд общей юрисдикции — исковое заявление о нарушении трудовых прав в связи с тем, что правоустанавливающие для трудовых отношений документы не соответствуют действующему законодательству.