Могу ли я пересекать границу РФ по таджикскому загран паспорту, если имею гражданство РФ и Таджикистана?

Согласно ч. 1 ст. 6 Федерального закона «О гражданстве Российской Федерации» от 31.05.2002 N 62-ФЗ, 

Гражданин Российской Федерации, имеющий также иное гражданство, рассматривается Российской Федерацией только как гражданин Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных международным договором Российской Федерации или федеральным законом.

В силу указанной нормы гражданин России при наличии иного гражданства не вправе использовать удостоверяющие документы иного государства на территории России.

Однако, в согласии с п. 1 ст. 1 Договора между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан об урегулировании вопросов двойного гражданства, 

Каждая из Сторон признает за своими гражданами право приобрести, не утрачивая ее гражданства, гражданство другой Стороны.

Таким образом, в Вашем случае Вы можете использовать удостоверяющие документы Таджикистана на территории России (включая пересечение границы России) по Вашему усмотрению.