Виктор, здравствуйте.
Согласно ст.220 НК РФ При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:
1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при передаче средств (имущества) участнику общества в случае ликвидации общества, при уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством);
2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:
1) имущественный налоговый вычет предоставляется:
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;
Таким образом, Вы можете не уплачивать подоходный налог с продажи квартиры, если цена продажи до 1 млн. рублей.
На применение имущественных налоговых вычетов, связанных с приобретением другой квартиры это не повлияет, так при продаже и при приобретении используются разные вычеты, никак не связанные друг с другом.