Марина, приветствую!
Да, участник вправе подать такую заявку и вполне законно признан победителем. Основания для отклонения заявок указаны в ст. 78 закона 44-ФЗ и такого как «слишком низкая цена» там нет:
7. Котировочная комиссия не рассматривает и отклоняет заявки на участие в запросе котировок, если они не соответствуют требованиям, установленным в извещении о проведении запроса котировок, либо предложенная в таких заявках цена товара, работы или услуги превышает начальную (максимальную) цену, указанную в извещении о проведении запроса котировок, или участником запроса котировок не предоставлены документы и информация, предусмотренные частью 3 статьи 73 настоящего Федерального закона. Отклонение заявок на участие в запросе котировок по иным основаниям не допускается.
Другое дело, что если участник откажется подписывать контракт по такой цене, наступят последствия, определенные той же ст. 78 закона 44-ФЗ: заказчик вправе заключить контракт со следующим участником, а к уклонившемуся (или отказавшемуся) может предъявить иск о возмещении убытков.