Здравствуйте!
Если Вы не являетесь физическим лицом, то согласно НК РФ Ваша организация обязана исчислять, удерживать и уплачивать НДФЛ.
Ответ на Ваш вопрос содержится в письме Минфина России от 27.08.2015 N 03-04-05/49369: "… Согласно пунктам 1 и 2 статьи 226 Кодекса российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, за исключением доходов, в отношении которых исчисление сумм и уплата налога производятся в соответствии со статьями 214.3, 214.4, 214.5, 214.6, 226.1, 227 и 228 Кодекса, признаются налоговыми агентами и обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 Кодекса.
Подпунктом 1 пункта 1 и пунктом 2 статьи 228 Кодекса предусмотрено, что физические лица, получающие вознаграждения от физических лиц и организаций, не являющихся налоговыми агентами, на основе заключенных трудовых договоров и договоров гражданско-правового характера, включая доходы по договорам найма или договорам аренды любого имущества, самостоятельно исчисляют суммы налога, подлежащие уплате в соответствующий бюджет, в порядке, установленном статьей 225 Кодекса...".
Он нам выставил счет на коммуналку - 50 тыс руб. Мы с этой суммы - тоже ндфл за него платим ?
Нет, т.к. коммунальные услуги это расходы Арендодателя, которые Вы как Арендатор взяли на себя, назвав их переменной частью арендной платы.Необходимо уточнить-Вы арендуете Объект Арендодателя целиком или в части.