Владимир, добрый день.
Вы должны сначала обратиться в паспортный стол по месту жительства за заменой паспорта, а только потом подавать документы в военный комиссариат для постановки на воинский учет.
В силу постановления Правительства РФ от 08.07.1997 N 828 «Об утверждении Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, образца бланка и описания паспорта гражданина Российской Федерации»
Военнослужащим, проходящим военную службу по призыву, паспорта выдаются или заменяются по окончании установленного срока военной службы по призыву.
Поскольку Вы проходили военную службу, то обратиться с заявлением о замене паспорта Вы можете в течение 30 дней после увольнения с военной службы.