Здравствуйте! Да, в случае изменения разрешённого использования объекта капитального строительства (с ИЖС на магазин), вам потребуется изменить вид разрешённого использования земельного участка.
Данная обязанность вытекает из ст. 42 Земельного кодекса РФ, согласно которой собственники земельных участков и лица, не являющиеся собственниками земельных участков, обязаны использовать земельные участки в соответствии с их целевым назначением способами, которые не должны наносить вред окружающей среде, в том числе земле как природному объекту.
Для получения разрешения на условно-разрешённый вид использования земельного участка вам необходимо обратиться в местную администрации. (Ч.6 ст.37, ст.39 Градостроительного кодекса РФ