Артем, налог за просрочку начислен неправомерно.
Дело в том, что пени за просрочку вы платили банку. Это были неустойки за просрочку исполнения обязательств по договору (гражданские правоотношения).
Помимо этого в налоговом кодексе есть понятие материальной выгоды от экономии на процентах по кредиту (ст. 212 НК РФ). Однако к вашему случаю это не относится и материальной выгоды не возникает.
Минфин в письме от 16.08.2012 N 03-04-05/9-954 подтвердил такую позицию:
Доход в виде материальной выгоды от экономии на процентах за пользование заемными (кредитными) средствами в случае несвоевременной оплаты по кредитному договору ст. 212 Кодекса не предусмотрен.
Также отсутствие обязанности платить налог с такой просрочки подтверждено судебной практикой:
www.ourcourt.ru/mosgorsud/2012/11/22/403195.htm
Вам необходимо написать письмо в ИФНС с указанием на то, что материальной выгоды в данном случае не возникает, сославшись на вышеприведенные документы.
Желаю благополучного разрешения вопроса! С уважением, Дмитрий.
Спасибо за ответ. Как только отсканирую, сразу же отправлю.