Добрый вечер, Михаил!
Поскольку дом и земельный участок есть отдельные объекты права собственности, на каждый из них существует отдельный правоустанавливающий документ, то и договоры купли-продажи должны быть составлены отдельно для дома и отдельно для участка земли. Таким образом, для каждого объекта права собственности будут устанавливаться свои правила налогообложения. То есть, ставка в размере 13% применяется отдельно к земельному участку и отдельно к сумме продажи дома. Кроме того, необходимо учитывать вычет и период времени, втечение которого эти объекты находились в собственности.
Удачи!