Марина, здравствуйте! Скорее всего Вы имеете в виду ситуацию, когда ин. гражданин находился на территории РФ не все 90 суток, а 87, затем выехал и вновь въехал в РФ. В этом случае миг. учет на новые 90 суток невозможен, а только на оставшиеся неиспользованные от 90 суток дни, иначе что это за регистрация на три дня!? В таком случае оформить патент иностранный гражданин не сможет, так как для этого необходимо собрать определенный пакет документов и обратиться с ним в подразделение УВМ (ранее- УФМС) по месту постановки его на миг. учет.