Могут ли аннулировать загранпаспорт, выданный без ответа от военкомата?

Нет, паспорт аннулировать не могут.

Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» не содержит данных оснований для аннулирования паспорта.

Андрей Борисович, тут не аннулирование может быть, а «временное изъятие».

Согласно статье 15 Закона о порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию, в частности:

Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:

1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.
В случае, если имеется заключение Межведомственной комиссии по защите государственной тайны о том, что сведения особой важности или совершенно секретные сведения, в которых гражданин был осведомлен на день подачи заявления о выезде из Российской Федерации, сохраняют соответствующую степень секретности, то указанный в трудовом договоре (контракте) срок ограничения права на выезд из Российской Федерации может быть продлен Межведомственной комиссией, образуемой в порядке, установленном для создания межведомственных координационных и совещательных органов, образуемых федеральными органами исполнительной власти. При этом срок ограничения права на выезд не должен превышать в общей сложности десять лет, включая срок ограничения, установленный трудовым договором (контрактом), со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями;

2) в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, — до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;

В том же Законе в статье 18:

В случае, если выезд из Российской Федерации гражданина Российской Федерации ограничен по основаниям, предусмотренным подпунктами 1 и 2 статьи 15 настоящего Федерального закона, его паспорт (паспорта) подлежит (подлежат) передаче на хранение до истечения срока временного ограничения в государственный орган, осуществивший выдачу паспорта.