Проблемы у клиента с НДС, если я оплачу в бюджет и сдам декларацию по НДС.

Добрый день! Это до сих пор спорный вопрос и, возможно, вашему покупателю придется отстаивать право на вычет по НДС в суде. Суд же примет сторону налогоплательщика.

Определение Конституционного Суда РФ от 29.03.2016 N 460-О

Как указал Конституционный Суд Российской Федерации, одним из проявлений диспозитивности в регулировании налоговых правоотношений выступает право лиц, не являющихся плательщиками налога на добавленную стоимость, или налогоплательщиков, освобожденных от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с его исчислением и уплатой, вступить в правоотношения по уплате данного налога, что в силу пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса Российской Федерации возлагает на таких лиц обязанность выставлять покупателю счет-фактуру с выделением в нем суммы налога и, соответственно, исчислять сумму данного налога, подлежащую уплате в бюджет. Обязанность по уплате налога на добавленную стоимость в данном случае обусловлена не только наличием одного лишь факта реализации товаров (работ, услуг), но и связана с выставлением покупателю счета-фактуры с выделением суммы данного налога. Впоследствии такой документ будет служить основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров сумм налога на добавленную стоимость к вычету (Постановление от 3 июня 2014 года N 17-П).