Все зависит от того, где сын будет состоять на воинском учете
Статья 10 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе». Обязанности граждан по воинскому учету
1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:
состоять на воинском учете по месту жительства (граждане, прибывшие на место пребывания на срок более трех месяцев или проходящие альтернативную гражданскую службу, — по месту их пребывания) в военном комиссариате, а граждане, имеющие воинские звания офицеров и пребывающие в запасе Службы внешней разведки Российской Федерации и в запасе Федеральной службы безопасности Российской Федерации, — в указанных органах;
явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;
Граждане, подлежащие призыву на военную службу, выезжающие в период проведения призыва на срок более трех месяцев с места жительства или места пребывания, должны лично сообщить об этом в военный комиссариат либо в соответствующий орган местного самоуправления поселения или соответствующий орган местного самоуправления городского округа, осуществляющий первичный воинский учет.
То есть, если исполнять эти обязанности, то возможен призыв на военную службу. При возможности, приезжать в Россию ему будет нужно в периоды между призывами. Призывы проводят каждый год с 1 апреля по 15 июля и с 1 октября по 31 декабря.
Существуют Правила регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утверждены Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 N 713
Ваш сын как не имеющий постоянного места жительства в России, но гражданин Российской Федерации, обязан будет зарегистрироваться по месту пребывания, если срок пребывания более чем 90 дней в каком-либо жилом помещении (например, в съемной квартире).
Регистрация гражданина по месту пребывания в гостинице, санатории, доме отдыха, пансионате, кемпинге, на туристской базе или в ином подобном учреждении, производится по прибытии такого гражданина администрацией соответствующего учреждения на основании документов, удостоверяющих личность.
Наличие внутреннего паспорта для этого не обязательно.
Военный билет выдается при призыве на военную службу. До призыва выдается приписное свидетельство.
Но в описанном Вами случае, если поездки в Россию будут на недлительный срок, технически призвать сына на службу будет сложно, поэтому особо переживать не стоит.