Здравствуйте, Татьяна!
Да, конечно вы можете заключить договор мены, по которому каждая сторона передает другой товары в обмен. Никаких ограничений для ИП в данном случае нет.
Статья 567. Договор мены
1. По договору мены каждая из сторон обязуется передать в собственность другой стороны один товар в обмен на другой.
2. К договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже (глава 30), если это не противоречит правилам настоящей главы и существу мены. При этом каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен.
Кроме того, в данной ситуации можно рассмотреть применение схемы давальческой переработки, когда договором с ИП компания выполняет работы по переработке сырья с использованием его же материалов. В этом случае не потребуется приобретать эти материалы в собственность у ИП.
Статья 702. Договор подряда
1. По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его.
Статья 704. Выполнение работы иждивением подрядчика
1. Если иное не предусмотрено договором подряда, работа выполняется иждивением подрядчика — из его материалов, его силами и средствами.
2. Подрядчик несет ответственность за ненадлежащее качество предоставленных им материалов и оборудования, а также за предоставление материалов и оборудования, обремененных правами третьих лиц.
Нет, в плане налогов здесь никаких сложностей нет.
То, что у Вас в обмен на товары идет не товар, а переработка ни на что не влияет, поскольку закон допускает заключать договоры, прям не предусмотренные Гражданским кодексом.
Разницу нужно перечислить, но где Вы это укажите — в самом договоре или доп. соглашении — значения особого не имеет.