Здравствуйте, Земфира.
В соответствии с п. 16 Положения об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утвержденного Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922, средний заработок повышается при увеличении тарифных ставок, окладов (должностных окладов) всем работникам организации, всем работникам структурного подразделения или всем работникам филиала организации на коэффициент повышения тарифных ставок, окладов (должностных окладов) работников.
Таким образом, индексации подлежит заработок включаемый в расчет средней зарплаты только при условии повышения зарплаты всем сотрудникам подразделения.
Так что Вы можете индексировать зарплату всех сотрудников, кроме тех, которые находятся в отном отделе, подразделении с работником, которому зарплату не повысили.
Для ясности приведу пример:
В организации организационной структурой выделены отделы, подотделы. В данной ораганизации повысили зарплату всем сотрудникам, кроме 1-го бухгалтера. Получается зарплата отдела бухгалтерии не индексируется, а зарплата всех остальных работников других отделов — индексируется.