Можно ли ИП подать нулевую декларацию, если движения денежных средств на счету были?

Да, ИП на ОСНО, поступления ДС от покупателей были

Да, ИП на ОСНО, поступления ДС от покупателей были

Если услуга не оказана или товар не отгружен, но поступала предоплата от покупателей, то ИП обязан в течение 5 дней с даты получения оплаты сформировать авансовый счет-фактуру и заполнить Книгу продаж, а также уплатить налог с авансов и сдать в электронном виде декларацию по НДС за 3-й квартал 2016 г. Срок сдачи, кстати, уже истек, поэтому будет начислен штраф.

Статья 169 НК РФ
3. Налогоплательщик обязан составить счет-фактуру, вести книги покупок и книги продаж:
1) при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения в соответствии с настоящей главой (за исключением операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, если иное не предусмотрено подпунктом 1.1 настоящего пункта).

Статья 167 НК РФ
1. В целях настоящей главы моментом определения налоговой базы, если иное не предусмотрено пунктами 3, 7 — 11, 13 — 15 настоящей статьи, является наиболее ранняя из следующих дат:
1) день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав;
2) день оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.