Могут ли меня забрать на службу в армию, если я поступил на обучение в магистратуру?

Положения Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»:

Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу

2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:

(абзац 1) а) обучающиеся по очной форме обучения в:
(абзац 5) имеющих государственную аккредитацию по соответствующим направлениям подготовки (специальностям) образовательных учреждениях высшего профессионального образования по:
(абзац 6) программам бакалавриата, если они не имеют диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра, — на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ;

(абзац 7) программам подготовки специалиста, если они не имеют диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра, — на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ;
(абзац 8) программам магистратуры, если они не имеют диплом специалиста или диплом магистра и поступили в указанные образовательные учреждения в год получения квалификации (степени) «бакалавр», — на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ.

Предусмотренная настоящим подпунктом отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:

первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем шестым настоящего подпункта, гражданин может повторно воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии сабзацем восьмым настоящего подпункта.

Из изложенных норм закона следует, что повторно воспользоваться отсрочкой возможно лишь в случае поступление на обучение по программе магистратуры после обучения по программе бакалавриата. Соответственно в Вашем случае Вы сможете повторно воспользоваться отсрочкой,