Нужно ли платить налог 13% при обмене квартиры с меньшей на большую в форме материнского капитала?

в апреле стал собственником 2 комнатной, оценивается 2000000 рублей

Ясно. к мене применяются положения ГК о купле-продаже

. К договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже (глава 30), если это не противоречит правилам настоящей главы и существу мены. При этом каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен.

т.е. если по простому Вы одновременно и покупатель (чужой квартиры), и продавец (своей).

поскольку собственником стали в 2016 году, то необходимо учитывать положения ст.217.1 НК о кадастровой стоимости

5. В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.
В случае, если кадастровая стоимость объекта недвижимого имущества, указанного в настоящем пункте, не определена по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на указанный объект, положения настоящего пункта не применяются.

и оценить в договоре надо не ниже 70% КД или 1,4 млн. рублей.

при этом у Вас одновременно возникают права на вычет по подп.1 и 3 п.1 ст.220 НК и

— с отчуждения своей квартиры Вы получаете доход равный оценочной стоимости по договору с правом уменьшить его на вычет в размере не более 1 млн. (если получили квартиру безвозмездно по приватизации или дарению, например) или на расходы по приобретению (если купили).

для примера, 1,4 млн. — 1 млн. = 400 000 облагаемый доход

— с покупки также вычет с суммы 1.4 млн. рублей, т.к. доплата произведенная МК не учитывается

5. Имущественные налоговые вычеты, предусмотренные подпунктами 3 и 4 пункта 1 настоящей статьи, не предоставляются в части расходов налогоплательщика на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, покрываемых за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей, за счет выплат, предоставленных из средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, а также в случаях, если сделка купли-продажи жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии со статьей 105.1 настоящего Кодекса.

при этом налогооблагаемый доход сводится на нет за счет вычета с покупки, т.е. 1,4 млн. — 400 тыс. = 1 млн. с которого Вам вернуть 13% НДФЛ из бюджета.