Добрый день! Нет, в данном случае заверять заявление Р21001 (на регистрацию ИП) ненужно.
Параграф 2, п. 1.2. ст. 9 ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.09.2016)
Свидетельствование в нотариальном порядке подписи заявителя на представляемых при государственной регистрации заявлении, уведомлении или сообщении не требуется в случае:
...
направления документов в регистрирующий орган в форме электронных документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью заявителя.