Вы в любом случае не должны платить больше той суммы, которая указана в договоре. Если собственник квартиры уплачивает налоги, то платит он 13% от суммы, которая является его доходом (то есть от той, что указана в договоре). Оснований для освобождения от уплаты налога здесь нет (собственник получает дохода, и неважно, от кого он его получает).
Тут только вопрос в том, самостоятельно ли он его оплачивает, или, возможно, налог удерживает воинская часть (в качестве налогового агента) и перечисляет Наймодателю сумму уже за вычетом НДФЛ (существует правовая неопределенность в этом вопросе, Так, Мин
Фин считает, что военная часть является налоговым агентом (Письмо от 24.12.2007 N 03-04-08-01/64), тогда как судебная практика на этот счет противоречива.
Большое спасибо!