Определение налоговой базы по выручке при УСН

Здравствуйте, Елена!
Здесь все зависит от того, включены ли данные расходы на проведение исследований в цену ваших услуг. Если включены, то вы совершенно однозначно должны включать их в расчет налоговой базы.
Если не включены и речь идет о возмещении расходов, произведенных вами как исполнителем, то здесь вопрос достаточно спорный. Налоговые органы, конечно же, будут настаивать, что эти поступления являются вашим доходом.
Наиболее правильное решение данной проблемы будет, если вы в вашем договоре предусмотрите положения, по которым ваша организация в определенных случаях выступает посредником и за счет ваших заказчиков заключает договора на проведение исследований. Таким образом вы становитесь агентом и однозначно переносите все эти доходы и расходы на ваших заказчиков. И как агент не будете получать доход даже если через вас будут проходить расчеты с данными исследовательскими организациями.

Здравствуйте уважаемая Елена!

Вам необходимо переделать Ваш договор, так чтобы он был полностью агентским, то есть Вы за агентское вознаграждение осуществляете исследование в интересах и за счет заказчика в целях регистрации лекарственных средств, и получаете вознаграждение за это. А транзитные платежи как раз и будут тем средствами за счет которых Вы осуществлете исследование в интересах Заказчика. И тогда будет применяться следующее:

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМА
от 26 января 2009 г. N 03-11-09/18, от 26 января 2009 г. N 03-11-09/19
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо
по вопросу определения доходов у индивидуальных предпринимателей,
применяющих упрощенную систему налогообложения, при заключении агентских
договоров и сообщает следующее.
В соответствии с п. п. 1 и 1.1 ст. 346.15 Налогового кодекса
Российской Федерации (далее — Кодекс) налогоплательщики, применяющие
упрощенную систему налогообложения, при определении объекта
налогообложения учитывают доходы от реализации и внереализационные
доходы, определяемые в соответствии со ст. ст. 249 и 250 Кодекса, и не
учитывают доходы, указанные в ст. 251 Кодекса.
Согласно пп. 9 п. 1 ст. 251 Кодекса при определении налоговой базы не
учитываются доходы в виде имущества (включая денежные средства),
поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с
исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или
другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат,
произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за
комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не
подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного
поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К
указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное
аналогичное вознаграждение.
В соответствии с п. 1 ст. 1005 Гражданского кодекса Российской
Федерации (далее — ГК РФ) по агентскому договору одна сторона (агент)
обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны
(принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет
принципала либо от имени и за счет принципала.
По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за
счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы
принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в
непосредственные отношения по исполнению сделки.
Статьей 1011 ГК РФ установлено, что если агент действует от своего
имени, но за счет принципала, то к отношениям, вытекающим из агентского
договора, применяются правила, предусмотренные гл. 51 «Комиссия» ГК РФ,
если эти правила не противоречат положениям данной главы ГК РФ или
существу агентского договора.
Таким образом, предметом агентского договора являются любые
взаимоотношения агента с третьими лицами в интересах принципала, в том
числе выполнение функций комиссионера.
Согласно положениям п. 6 Информационного письма Президиума Высшего
Арбитражного Суда Российской Федерации от 17.11.2004 N 85 сделка,
совершенная до заключения договора комиссии, не может быть признана
заключенной во исполнение поручения комитента.
В связи с этим при агентском договоре сделка с третьими лицами
агентом, выступающим от своего имени, но за счет принципала, должна быть
совершена после заключения агентского договора и только в интересах
принципала.
При соблюдении вышеуказанных условий по сделке с третьими лицами у
агента, применяющего упрощенную систему налогообложения, в составе
доходов при определении объекта налогообложения учитывается только
агентское вознаграждение.
Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Н.А.КОМОВА

С Уважением Лобанов М.А.