Максим, добрый вечер.
Так как Вы тоже являетесь собственником, то не смотря на отказ второго собственника, Вы вправе произвести ремонт кровли. При совместном владении имуществом, все манипуляции должны согласовываться, но раз он против, это не должно умалять Вашего права на пользование имуществом, а он пусть потом доказывает в суде, что отремонтировав крышу, нарушили чем то его права, это у вас не самовольная постройка, так что не думаю, что ему это удастся.
Статья 10. Пределы осуществления гражданских прав
[Гражданский кодекс РФ[Глава 2][Статья 10]
1. Не допускаются осуществление гражданских прав
исключительно с намерением причинить вред другому лицу, действия в обход
закона с противоправной целью, а также иное заведомо недобросовестное
осуществление гражданских прав (злоупотребление правом).
Статья 209. Содержание права собственности
[Гражданский кодекс РФ][Глава 13][Статья 209]
1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.
2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении
принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и
иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы
других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим
лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения,
пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и
обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.
3. Владение, пользование и распоряжение землей и другими природными
ресурсами в той мере, в какой их оборот допускается законом (статья
129), осуществляются их собственником свободно, если это не наносит
ущерба окружающей среде и не нарушает прав и законных интересов других
лиц.
Кровля является общим имуществом, как и стены, и перекрытия, и фундамент, и тот факт, что дом разделен в частях не имеет никакого отношения к изменению права общей долевой собственности на данное имущество. А то так скоро кирпичи начнем делить.
Максим, а у Вас случаем Ваши этажи не указаны как квартиры. Если указаны, то и пробовать не стоит, т.к. в этом случае дом у Вас многоквартирный и реконструкция без согласия вообще невозможна.