Здравствуйте, Светлана!
Если это долг в порядке выплаты работодателем ранее неоплаченной им заработной платы, то подоходный налог должны были удержать при начислении этого долга. Если же они этого не сделали, то налог придется заплатить Вам. Для этого Вам следует уточнить у работодателя, удержан ли налог от начисленной Вам заработной платы. Вообще-то налог платится с доходов, а не от суммы возвращенного долга, поскольку возврат долга — не есть доход при условии, что не были предусмотрены проценты за пользование Вашими денежными средствами.
Возможно, что мой ответ не соответствует тому, что фактически имело место. Я исхожу из того, что Вы пишете «мне не вернули долг (от организации)» и при этом не пишете что это за долг.