Можно ли в конце рассрочки на квартиру взять ипотеку на сумму материнского капитала?

Да, можете:

Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ
(ред. от 30.12.2015)
«О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
(с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2016)
6. Средства (часть средств) материнского (семейного) капитала могут направляться на уплату первоначального взноса и (или) погашение основного долга и уплату процентов по кредитам или займам на приобретение (строительство) жилого помещения, включая ипотечные кредиты, предоставленным гражданам по кредитному договору (договору займа), заключенному с организацией, в том числе кредитной организацией, независимо от срока, истекшего со дня рождения (усыновления) второго, третьего ребенка или последующих детей.