Можно ли обжаловать отказ в допуске к секретным документам по 3 форме?

Здравствуйте Александр!

Если отсутствуют основания в отказе к доступу к гос тайне вы иметее право обратиться в вышестоящую организацию, либо в районный суд с администратиным исковым заявлением. В вашем случае вышестоящей организацией может быть соответсвующий территориальный орган ФСБ РФ по субъекту РФ, или ФСБ РФ

Статья 22. Основания для отказа должностному лицу или гражданину в допуске к государственной тайне
Основаниями для отказа должностному лицу или гражданину в допуске к государственной тайне могут являться:
признание его судом недееспособным, ограниченно дееспособным или рецидивистом, нахождение его под судом или следствием за государственные и иные тяжкие преступления, наличие у него неснятой судимости за эти преступления;
(в ред. Федерального закона от 06.10.1997 N 131-ФЗ)
наличие у него медицинских противопоказаний для работы с использованием сведений, составляющих государственную тайну, согласно перечню, утверждаемому федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области здравоохранения и социального развития;
(в ред. Федерального закона от 29.06.2004 N 58-ФЗ)
постоянное проживание его самого и (или) его близких родственников за границей и (или) оформление указанными лицами документов для выезда на постоянное жительство в другие государства;
выявление в результате проверочных мероприятий действий оформляемого лица, создающих угрозу безопасности Российской Федерации;
уклонение его от проверочных мероприятий и (или) сообщение им заведомо ложных анкетных данных.
Решение об отказе должностному лицу или гражданину в допуске к государственной тайне принимается руководителем органа государственной власти, предприятия, учреждения или организации в индивидуальном порядке с учетом результатов проверочных мероприятий. Гражданин имеет право обжаловать это решение в вышестоящую организацию или в суд.