Здравствуйте.
В вашем случае действуют прежние правила, где для расчета налога будет иметь значение стоимость указанная в договоре купли-продажи. Новые правила (введение в действие ст.217.1 НК РФ) распространяются на объекты недвижимости право собственности на которые зарегистрировано с 01.01.2016г.
Налогооблагаемую базу можно уменьшить на фактически затраченные расходы на приобретение квартиры либо на имущественный налоговый вычет 1 млн.р. Подоходный налог (13%) высчитывается с разницы между стоимостью продажи и стоимостью приобретения.
(стоимость продажи — 2,9 млн.р.) х 13% = сумма налога к уплате