Здравствуйте, Светлана.
Как правило, при подаче заявления о восстановлении на работе (а судя по вопросу вопрос только в этом — незаконное увольнение), проверяющие органы не выходят за пределы требования работника. Поэтому, вероятность того, что будет проводится комплексная проверка организации, очень невелика. Будет рассматриваться вопрос законности увольнения работника и если оно было незаконны, то Работодателя обяжут восстановить Работника на работе, оплатить вынужденный прогул, а также оплатить судебные расходы и моральный вред (если он будет присужден).
При этом следует отметить. что если все-таки такая проверка состоится, то главный бухгалтер будет привлечен к ответственности, если в его действиях (во время его работы) обнаружатся признаки административного правонарушения или уголовного преступления.