Здравствуйте, Владимир!
Можно использовать средства материнского капитала на строительство жилого дома. Даже несмотря на то, что и у Вас, и у жены имеется в собственности недвижимость.
Только вот купить на МК земельный участок не получится. Надо его уже иметь, чтобы строить жилой дом на средства сертификата.
А потому подумайте над приобретением земельного участка в собственность супругов, а потом с привлечением капитала построите на нём жилой дом, после введения в эксплуатацию и дом, и земля будут распределены в долях между всеми членами семьи.
Таково условие направления средств МК на строительство жилого дома.
Удачи!