Здравствуйте, Константин!
Если Украина не признает законность перехода Крыма в Российскую Федерацию (несмотря на полное соответствие перехода международным нормам, украинскому и российскому законодательству), то «следует воспользоваться слабостью противника», а именно: 1) попытаться поменять паспорт супруги на Украине (если в Российской Федерации не по временному убежищу находится); 2) если первое невозможно, то пройти легализацию брака на Украине, воспользовавшись пунктом 3 Правил государственной регистрации актов гражданского состояния в Украине, утв. Приказом Министерства юстиции Украины от 18.10.2000 г. № 52/5 zakon3.rada.gov.ua/laws/show/z0719-00
Если же Ваша супруга находится в Российской Федерации на основании статуса временного убежища, то, полагаю, стоит воспользоваться ст. 10 Закона «О беженцах» (российского) и пока находится в Крыму, не меняя паспорт, а отказ в предоставлении РВП оспаривать в суде (в случае,.если будет отказано по основанию «просроченный паспорт»).
Возможно, коллеги посоветуют более лучший вариант.