Здравствуйте!
Разница в переходе права собственности на разные объекты гражданских прав (недвижимость и ценные бумаги).
1.При продаже предприятия как имущественного комплекса будет заключён договор купли-продажи предприятия, который необходимо будет в обязательном порядке зарегистрировать в Росреестре, то есть к покупателю переходит недвижимое имущество. Покупатель предприятия имеет право в дальнейшем продать предприятие другому лицу.
2.При продаже акций покупателю по договору переходят ценные бумаги, но не само имущество акционерного общества. Договор купли-продажи акций нигде регистрировать не нужно. Права на акции фиксируются у специализированной организации-реестродержателя. Акционер имеет право в дальнейшем продать только свои акции и получить на них дивиденды, но имущество акционерного общества он продать не вправе.
ГК РФ,
Статья 559. Договор продажи предприятия
1. По договору продажи предприятия продавец обязуется передать в собственность покупателя предприятие в целом как имущественный комплекс (статья 132), за исключением прав и обязанностей, которые продавец не вправе передавать другим лицам.
Статья 560. Форма и государственная регистрация договора продажи предприятия
1. Договор продажи предприятия заключается в письменной форме путем составления одного документа, подписанного сторонами (пункт 2 статьи 434), с обязательным приложением к нему документов, указанных в пункте 2 статьи 561 настоящего Кодекса.
2. Несоблюдение формы договора продажи предприятия влечет его недействительность.3. Договор продажи предприятия подлежит государственной регистрации и считается заключенным с момента такой регистрации.