Оформление долей квартиры полученных в разное время

Нет, у вас будет приращение долей, налога не будет. Ниже письмо Минфина по аналогичной ситуации

Вопрос: 15 апреля 2002 г. была приватизирована квартира семьей из 4-х человек: отец, мать, сын и дочь (по 1/4 доли). 13 ноября 2008 г. отец и мать передали свои доли по договору дарения дочери. 30 августа 2011 г. квартира была продана за 1480 тыс. руб. Когда я обратилась в налоговую инспекцию по вопросу уплаты налога, ответили, что я (дочь) обязана платить налог с 3/4 доли. Прошу ответить, должна ли я платить налог за проданную квартиру и в каком размере? Сохраняется ли действие правоустанавливающих документов на долевую собственность от 15 апреля 2002 г.? В связи с тем, что с момента выдачи документа на право обладания на 3/4 доли (13 ноября 2008 г.) до момента продажи прошло менее 3-х лет, налоговый вычет в 1000 тыс. руб. необходимо считать от 1/2 или 3/4 доли?
Ответ:
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 10 мая 2012 г. N 03-04-05/7-619
Из обращения следует, что семьей из четырех человек в 2002 году была приватизирована квартира в общую долевую собственность с равными долями. В 2008 году мать и отец по договору дарения подарили свои доли дочери, в результате чего у дочери в собственности находились 3/4 доли в праве собственности на данную квартиру. В 2011 году квартира была продана.
В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей.
Согласно статье 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании статьи 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения. В связи с этим, моментом возникновения права собственности у участников общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
В соответствии с пунктом 17.1 статьи 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Учитывая изложенное, поскольку квартира принадлежала налогоплательщику (независимо от изменения состава собственников и размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы, полученные налогоплательщиком от продажи квартиры, пропорциональные его доле в праве собственности на данную квартиру, не будут подлежать налогообложению налогом на доходы физических лиц