Уважаемая Лариса!
Полагаю, что перерасчёт должны сделать за весь период службы Вашего сына, так как справка воинской части является документальным бесспорным подтверждением того, что он отсутствовал в указанный период и коммунальными услугами не пользовался. Это только льготы назначаются со дня обращения за ними, а перерасчёт допустим в пределах срока исковой давности (то есть за три года).
Откажутся пересчитать — требуйте письменного отказа. Отказ Вы вправе обжаловать в Государственную жилищную инспекцию, в прокуратуру или в суд.
Спасибо большое.