Вопрос это вообще спорный. Но я подробно тут раскрывать не буду ибо тут бесплатные консультации. У вас платежи по месячные и их не платили в каком-то квартале в полном объеме, то вопрос в том, считать обязанность у вас как налогового агента возникшей с момента отгрузки (отчетный период по аренде) или исключительно с момента оплаты арендной платы.
В зависимости от этого вам и нужно принять решение: а) подавать декларацию и уплатить НДС (по отгрузке).
б) не подавать декларацию и не платить НДС (не возникновение обязанностей налогового агента).
Доминирует второй подход. Все.