Отсрочка от армии

А если вопрос стоит так, что закончив бакалавриат, поступаешь в магистратуру а затем в аспирантуру в этом случае как?

Да, Вы имеете право на отсрочку в том случае, если аспирантура очная и имеет лицензию. 

Вот что у нас по этому поводу говорит закон «О воинской обязанности и военной службе»:

Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане,
получающие послевузовское профессиональное образование по очной форме обучения в имеющих государственную аккредитацию образовательных учреждениях высшего профессионального образования или научных учреждениях, имеющих лицензию на ведение образовательной деятельности по образовательным программам послевузовского профессионального образования, — на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ и на время защиты квалификационной работы, но не более одного года после завершения обучения по образовательной программе послевузовского профессионального образования;
(вступил в силу 1 января 2012 года)

пп. ”б” п. 2 ст. 24 ФЗ оВОиВС