Каждая доля рассматривается как самостоятельный объект налогообложения.
Все зависит от того, по какой цене вы будете продавать квартиру. Как я понимаю, у квартиры три собственника, у вашей дочери 1/2 квартиры, и у вас с братом по 1/4. Если ваша дочь владеет долей больше трех лет, платить налог с ее доли не надо. Если стоимость доли вашей дочери не превышает 1000 000 рублей — налог платить не надо. Соответственно, если уж 1/2 квартиры меньше 1000 000 рублей, то при продаже меньших долей платить налог не надо.
Возможно, в итоге, вам нужно будет заплатить незначительный налог со стоимости 1/2 доли, принадлежащей вашей дочери.