Здравствуйте, Елена Викторовна!
Обычно в свидетельстве о регистрации брака фамилии указывают на основании сведений, указанных в заявлении граждан, желающих заключить брак.
Если в этом заявлении фамилия написана одинаково, то это ошибка сотрудника ЗАГСа. И заменить свидетельство на исправленное обязаны.
Не могу понять, зачем регистратору сведения о родителях? Возникло сомнение в правильности фамилии супруга вообще?
При регистрации брака подавались паспорта — в том числе, паспорт супруга, где его фамилия указана в том виде, в каком должна быть в свидетельстве. Вам должны были присвоить такую же по Вашему заявлению.
Если всё так — то пишите заявление о замене свидетельства в связи с допущенной ошибкой.
Удачи!