Здравствуйте, Виталий Юрьевич.
В соответствии с п. 5 ст. 9 Закона № 402-ФЗ «О бухучете» первичный учетный документ должен быть составлен на бумажном носителе или в виде электронного документа.
Статья 29 Закона № 402-ФЗ «О хранении документов» не обязывает налогоплательщиков хранить документы именно в бумажном виде.
Таким образом, исходя из законодательства РФ Вы вправе хранить документы организовать хранение документов в электронном виде.
Вообще порядок использования ЭЦП прописан в Федеральном законе от 06.04.2011 № 63-ФЗ «Об электронной подписи».
В этом Законе все ЭЦП делятся на 3 вида (ст. 5 Закона № 63-ФЗ):
1) Простая ЭЦП;
2) Усиленная квалифицированная ЭЦП;
3) Усиленная неквалифицированная ЭЦП.
Рекомендую Вам выяснить у Вашего спецоператора вид ЭЦП, который используете Вы.
Если выясниться, что ЭЦП, который Вы подписываете первичные документы — усиленная квалифицированная, то она равнозначна собственноручной подписи(ч. 1 ст. 6 Закона № 63-ФЗ).
И с такой подписью Вы имеете право хранить документы в электронном виде в целях бухгалтерского и налогового учета.
Аналогичного мнения придерживается Минфин РФ (Письмо от 23.01.2013 № 03-03-06/1/24).
Если выяснится, что ЭЦП, который Вы подписываете первичные документы — простая или неквалифицированная, то относительно хранения таких электронных документов со стороны налоговиков могут возникнуть претензии.
В Письмах Минфина РФ от 25.12.2012 № 03-03-06/2/139, от 20.12.2012 № 03-03-06/1/710 указано, что подписанные простой или неквалифицированной подписями первичные документы смогут быть приняты к учету только после того, как в Налоговом кодексе РФ или в законодательстве о бухгалтерском учете будут внесены соответствующие поправки.
Есть еще Письмо ФНС от 24.11.2011 № ЕД-4-3/19693@ по этому поводу. Налоговики поясняют, что первичный документ, подписанный неквалифицированной ЭЦП только в том случае принимается для учета и соответственно хранения, если использование такой подписи предусмотрено соглашением сторон.
Следовательно, если документы подписаны простой или неквалифицированной подписями и нет соглашения между контрагентами, то их хранение в электронном виде может вызвать проблемы с налоговиками.