Сколько платить налога

Здравствуйте, Руслан! 
 Если у вас по договору стояла цена 550 000 руб., то налогооблажение равно нулю.
А вот если ваша цена по договору 1 100 000 и право собственности менее 3 лет., тогда у вас ситуация такая: 

Продажная стоимость квартиры по договору  равна 1 100 000 руб. Соответственно доход, облагаемый налогом по этой сделке, равен:
1 100 000 (продажная стоимость квартиры) — 1 000 000 (вычет) = 100 000 руб.

С него нужно заплатить налог в размере:
100 000 х 13% = 13000 руб.
 

Из этого правила есть три исключения при которых абсолютно не важно когда оформлено свидетельство о праве собственность. Они касаются квартир полученных:

• по наследству. Право собственности возникает в день открытия наследства (см. п. 4 ст. 1152 Гражданского кодекса). Таковым считают день смерти наследодателя;
• в кооперативе. Право собственности возникает после выплаты пая и оформления акта приемки-передачи квартиры (см. п. 4 ст. 218Гражданского кодекса);
• до 1998 года. До этой даты государственной регистрации и оформления Свидетельства о праве собственности на квартиру не требовалось (см. п. 1 ст. 6 Федерального закона от 21 июля 1997 г. N 122-ФЗ).