Прописка в муниципальной квартире. 2014 год

В соответствии с Конституцией Российской Федерации и международными актами о правах человека каждый гражданин Российской Федерации имеет право на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации.
регистрация гражданина Российской Федерации по месту жительства — постановка гражданина Российской Федерации на регистрационный учет по месту жительства, то есть фиксация в установленном порядке органом регистрационного учета сведений о месте жительства гражданина Российской Федерации и о его нахождении в данном месте жительства.

Наниматель с согласия в письменной форме членов своей семьи, вправе вселить в занимаемое им жилое помещение по договору социального найма своего супруга, своих детей и родителей. 

Из приведенных положений закона следует, что ваша мама имеет право вселить вас в данную квартиру, а регистрация является всего лишь фиксацией вашего проживания в данной квартире. Отказ в регистрации по указанными вами основаниям является незаконным. Вы вправе обжаловать этот отказ в прокуратуру и в суд.