Дело не в том, что вычеты по НПФ "отменили" целиком, а в том, что с 2025 года такие выплаты формируют отдельную налоговую базу - и стандартные вычеты (на детей, на себя, социальные и т.п.) к ней просто не применяются. Это закреплено п. 6 ст. 210 НК РФ в редакции, действующей с 1 января 2025 года: вычеты по ст. 218, 219, 219.1, 221 НК РФ считаются только в рамках основной налоговой базы (зарплата, предпринимательский доход), а выплаты по договорам негосударственного пенсионного обеспечения и корпоративным пенсионным программам облагаются по правилам ст. 213.1 НК РФ как отдельная база.
Раньше многие "недоиспользованные" на зарплате вычеты можно было частично зачесть за счёт других доходов - теперь так не работает: базы не пересекаются, и если у Вас, например, была небольшая зарплата и вычет "не выбирался" полностью, к пенсии от НПФ его больше не применить.
Но здесь важен нюанс: сама пенсия по НПФ облагается по-разному в зависимости от того, кто платил взносы - работодатель или Вы сами, и как давно был заключён договор. От этого зависит, вообще есть ли налоговая база, а не только вопрос вычета. Ссылка налоговой на ст. 210 НК РФ без указания на ст. 213.1 НК РФ и без разбора именно Вашего случая - это как минимум неполный ответ, и его стоит проверить.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.