Здравствуйте!
Ситуация у вас, к сожалению, довольно распространённая, и тут риелтор вас немного ввёл в заблуждение. Само по себе указание в договоре суммы 1 000 000 руб. не гарантирует отсутствие налога.
По закону, если квартира находилась в собственности меньше минимального срока (в вашем случае после приватизации — обычно 3 года), то возникает обязанность платить НДФЛ. При этом налог считается не просто с суммы в договоре, а с учётом кадастровой стоимости. Если цена продажи ниже 70% кадастровой стоимости, налоговая берёт за основу именно 70% кадастровой стоимости, а не тот 1 млн, что указан в договоре.
Даже если брать ваш вариант с 1 млн, налог можно уменьшить за счёт имущественного вычета в размере 1 000 000 руб. — и тогда налог действительно может быть ноль. Но это происходит только если вы подали декларацию 3-НДФЛ и заявили этот вычет. Если декларацию не подавали, налоговая могла начислить налог автоматически, без учёта вычета.
Кроме того, если кадастровая стоимость была выше, налог всё равно мог появиться, даже при цене в договоре 1 млн.
Сейчас вам важно спокойно разобраться: посмотреть кадастровую стоимость квартиры на момент продажи и проверить, подавали ли вы декларацию. Если нет — её можно подать сейчас и заявить вычет, тогда налог могут пересчитать и уменьшить или вовсе обнулить.
Понимаю, что ситуация неприятная, но в большинстве таких случаев всё решается корректировкой декларации, без серьёзных последствий.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.