Здравствуйте, Татьяна. Если у Вас сохранились, тхотя бы, документы на покупку авто с суммой 140000 руб., то Вы можете поступить следюбщим образом.
На требование налогового органа можете написать пояснения о том, что приобретенный за 140 000 руб. автомобиль продали за 90 000 руб. В данном случае, действительно, никакого дохода у Вас нет, соответственно, нет и никакого налога. Но декларацию надо было сдать, и Вы это сделали.
Если бы у Вас был вариант найти Вашего покупателя и составить с ним договор купли-продажи авто с указанием суммы 90 000 руб., было бы еще лучше.
Если такой возможности нет, то в пояснениях укажите, что договор между физ. лицами может быть согласно гражданскому законодательству РФ заключен в устной форме и Вы продали авто по устному договору именно за 90 000 руб., т.е.за сумму, меньшую, чем стоимость покупки (140000руб.).
Для того, чтобы опровергнуть Ваши слова налоговый орган должен иметь доказательства, что Вы продали авто за большую сумму. А для этого им нужно, как минимум, найти Вашего покупателя и допросить его, что вряд ли они будут делать. А если и найдут его и вызовут, то лишь удостоверятся в правоте Ваших слов.